CompareMyFiles.com es un servicio web que te permite comparar línea a línea dos documentos de texto y encontrar las diferencias rápidamente. La pega es que sólo funciona con archivos .txt por lo que he podido comprobar pero puede ser una herramienta útil por ejemplo para comparar archivos html que siempre se pueden guardar en este formato:

- Visto en: Tecnología habitual
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Yo utilizo (en Ubuntu, no sé si está disponible para otros sistemas) el “Visor Diff Meld” una auténtica maravilla por l facilidad de uso para comparar archivos y directorios.
Es muy útil por ejemplo para comparar las versiones de wordpress entre sí, o las diferencias entre las adaptaciones personales de cada uno y la versión original en que se basó
Si se trata de simples ficheros TXT, desde el intérprete de comandos en Windows ya tenemos “File Compare”, simple, rápido y para toda la familia:
fc /n f1.txt f2.txt
Saludos
Yo uso compare it no es online pero compara todo tipo de ficheros y te permite copiar las diferencias en uno y otro sentido.
http://www.grigsoft.com/wincmp3.htm
Se supone que de pago pero la trial que yo me bajé sigue funcionando sin problema.
La ultima vez que tuve que hacer eso me hize mi propio programilla que lo hiciera xD
5 minutos de codigo vs. 5 minutos de busqueda
En Linux con un simple:
diff a.txt b.txt
consigues lo mismo que con ese programa entero :D
Un profesor que tenía de PHP usaba uno de estos para controlar que no nos copiaramos “demasiado” en los trabajos que teníamos que hacer en nuetras cosas para luego entregar :D
donde este vimdiff… :)